組合議会は、組合を構成する3市（宇佐市、豊後高田市、国東市）の議会からそれぞれ6名、3名、3名ずつ選出された計12名の議員で構成されております。 組合議会の役割は、組合条例の制定・廃案のほか、組合予算の議決・決算の認定等を担っています。 組合議会には、年2回開催される定例会と必要な場合において開催される臨時会があります。
